验收专家组认真审阅了实验室的建设计划任务书和建设验收申请报告，并通过听取实验室建设报告、现场考察、与实验室固定人员座谈等方式考察实验室的建设情况。一致认为，蛋白质组学国家重点实验室自2007年10月批准建设以来，结合国家需求与学科发展，开展了深入的基础及应用基础研究。凝炼形成了“人类肝脏蛋白质组组成及其功能网络研究”等研究方向。
实验室在建设期间，科研成果突出，在蛋白质组新技术新方法、重要蛋白质功能研究、重大疾病分子标志物筛选验证等方面取得了具有国际影响的研究成果，发表了一批高水平学术论文。获得国家自然科学奖二等奖、国家科技进步奖二等奖等4项奖励。
实验室队伍规模和年龄结构合理，现有科学院院士1人，国家杰出青年基金获得者4人，并培养和引进了一批年轻的学术带头人和科研骨干，在队伍建设和人才培养方面取得了显著成效。
建设期间，实验室健全与完善了各种规章制度，逐渐实现管理制度化。开展了广泛的国内外学术交流，积极参与多项大型国际科技合作计划，举办了3次国际、2次国内学术会议。
验收专家组认为，实验室全面完成建设计划任务书中所规定的各项任务。
